Em 2009, o Ministério Público Federal em Eunápolis ofereceu denúncia à Justiça Federal contra 12 pessoas envolvidas em um esquema de contratação de servidores “fantasmas” para a prefeitura de Porto Seguro, entre ela Maria Helena. Segundo a denúncia, o ex-prefeito da cidade, Jânio Natal Andrade Borges; o ex-secretário de Saúde, Eudes Piau de Faria e a ex-gerente de Recursos Humanos, Maria Helena Oliveira Ferreira Santos foram denunciados por apropriação de verbas públicas federais de forma continuada e formação de quadrilha ou bando. Mais nove pessoas respondem a ação penal por participação no esquema que resultou em um prejuízo de cerca de 849 mil reais aos cofres públicos.
Ainda segundo a denúncia do MPF, entre os meses de junho de 2006 a junho de 2008, o grupo apropriou-se de verbas federais, repassadas pelo Sistema Único de Saúde (Sus), destinadas ao programa Saúde da Família (PSF), ao forjar a contratação de médicos e dentistas. A fraude se dava por meio da inclusão de servidores fictícios nas folhas de pagamento da Secretaria Municipal de Saúde (SMS) sem que nunca tivessem prestado qualquer tipo de serviço para o órgão